Auch der Tourismus ist für das operative Geschäft von Niedersachsen Ports von Bedeutung. Mit seinen Inselversorgungshäfen leistet Niedersachsen Ports einen eigenen Beitrag zur Entwicklung des Tourismus in der Region.

Zum Hafensystem  Niedersachsen Ports gehören auch die Inselversorgungshäfen Norddeich (Ausgangshafen der Fährlinien nach Norderney und Juist) und Bensersiel (Ausgangshafen der Fährlinie nach Langeoog) sowie die Inselhäfen Norderney, Baltrum, Langeoog, Wangerooge und Spiekeroog.

Vom Hafen Emden verkehrt die Autofähre auf die Insel Borkum, von Cuxhaven aus werden Helgoland und die kleine Insel Neuwerk angesteuert. Cuxhaven ist auch ein beliebter Anleger für Kreuzfahrtschiffe. Die Häfen der Niedersachsen Ports sind Ausgangspunkte für Ausflugs- und Angelfahrten verschiedener Anbieter.

Fährverkehr und Inselversorgung, Fischerei und Sportschifffahrt lasten die Häfen besonders in den Sommermonaten bis an ihre Kapazitätsgrenze aus. Dabei ist jeder Hafen aufgrund seiner individuellen Besonderheiten Anziehungspunkt für den Fremdenverkehr und Ausgangspunkt für den Fährverkehr bzw. die Inselversorgung zu den ostfriesischen Inseln. Damit leisten die Häfen einen wichtigen Beitrag zur Sicherung und Stärkung der Wirtschaftskraft in der niedersächsischen Küstenregion und der Inseln.