Innerhalb des Hafensystems erbringt Niedersachsen Ports ein breites Spektrum an Dienstleistungen. Dazu zählen u. a. Hafenservices (Abfallentsorgung, Bereitstellung von Liegeplätzen, Festmacherdienste) und weitere hafennahe Dienstleistungen wie die Versorgung mit Strom und Wasser. In manchen Häfen betreibt Niedersachsen Ports eigene Kräne an den Kajen, RoRo-Anlagen und die Schienenwege im Hafen.

Zusätzlich bietet Niedersachsen Ports ein Portfolio an hafenbautechnischen Ingenieurleistungen an. Unter dem Oberbegriff Port-Consulting werden Bauplanung und Bauleitung, Gutachten und Gewährleistungsverfahren durchgeführt.

Bestimmte nautische Dienste z. B. Peildienste werden ebenfalls durch Niedersachsen Ports erbracht.  Das Unternehmen verfügt über einen eigenen Hopperbagger, der auch im Auftrag Dritter eingesetzt wird. Vor allem am Standort Emden werden auf der eigenen Werft Reparaturen an kleineren Wasserfahrzeugen sowie Stahl- und Maschinenbauleistungen für das Unternehmen selbst und für Dritte erbracht. Die Elektrotechniker des Unternehmens werden auch von Fremdfirmen eingesetzt.