Zu den zentralen Aufgaben von Niedersachsen Ports zählt das Management der Hafeninfrastruktur. Das Unternehmen errichtet und betreibt die  Anlagen, die grundlegende Voraussetzung für den Betrieb eines Hafens sind. Dazu zählen Hafenbecken, Kaianlagen, Schleusen und auch Einrichtungen, die für die Sicherheit in einem Hafen erforderlich sind. Die landseitige Verkehrsinfrastruktur (Straßen, Eisenbahnen, Wege) gehört ebenfalls dazu.

Neben dem Verkehrsmanagement ist Niedersachsen Ports für die Sicherheit des Schiffsverkehrs und auch für die Belange der allgemeinen Sicherheit in den Häfen zuständig. Der Zugang zu allen Häfen wird nach international vorgeschriebenen Standards ständig gewährleistet.