Der Aufsichtsrat von Niedersachsen Ports ist mit Vertretern des Niedersächsischen Ministeriums für Wirtschaft, Arbeit und Verkehr, des Finanzministeriums sowie mit einem Arbeitnehmervertreter besetzt. Im Gesellschaftsvertrag ist geregelt, welche Geschäfte beziehungsweise Geschäftsvorfälle der Zustimmung des Aufsichtsrates bedürfen. Das Gremium tagt mindestens viermal im Jahr. Bei zeitlich besonders dringenden und bei komplexen Anlässen können Sonderaufsichtsratssitzungen einberufen werden.